Sistem Pendidikan di Pondok Pesantren Daar El-Istiqomah memakai Kurikulum KMI mengadopsi Pondok Modern Darussalam Gontor.
-Untuk lulusan MI/SD Sederajat yaitu 6 Tahun Pendidikan dan 1 Tahun Wajib Pengabdian di Lembaga yang ditentukan.
-Untuk lulusan SMP/MTs Sederajat yaitu 4 Tahun Pendidikan dengan Kelas Intensive dan 1 Tahun Wajib Pengabdian