A Herman Ottó Intézet Nonprofit Kft. feladatainak fókuszában – a Földművelésügyi Minisztérium száz százalékos tulajdonában működő, önállóan gazdálkodó szervezetként – a környezetügy és a természetvédelem áll, de minden, a magyar agráriumhoz és a vidékhez kötődő feladatát is a felelősségteljes gondolkodás jegyében, a 21. század kihívásaira reagálva végzi. Az eltelt évek eredményeként számtalan emlékezetes konferenciát, műhelytalálkozót és kerekasztal-beszélgetést szerveztek a Kft. kollégái, számos értékes szakmai és szemléletformáló kiadványt jelentetett meg.
A Környezet- és Természetvédelmi Igazgatóság a Kft. egyik szakmai motorja. Tevékenységi köre meglehetősen szerteágazó, többek között hulladékgazdálkodással, környezeti kármentesítéssel, levegőtisztaság-védelemmel, természetvédelemmel, fenntarthatósággal és zaj elleni védelemmel foglalkozik.
A Kft. legrégebbi felelősségi területe az agrárszakképzés, amelyhez 1994 óta számos feladat társult az évek során. A Képzési Igazgatóság az általános mezőgazdaságban, állattenyésztésben, erdőgazdálkodásban, vadgazdálkodásban, halászatban, élelmiszeriparban, térképészetben, a földügyben, valamint a környezetvédelemhez tartozó szakképesítések tekintetében a szakképesítésért felelős miniszter feladatainak megvalósításában működik közre, készít elő döntéseket.
A Kft. szakmai profilja 2017-től a környezetbarát termék és európai ökocímke tanúsítási tevékenységgel bővült. Az igazgatóság a környezetkímélő termékek, szolgáltatások megkülönböztető megfelelőség-tanúsító rendszereinek működtetését végzi.