À la fois établissement scientifique et service public, tourné vers la recherche et la diffusion des connaissances, le Muséum assume 5 grandes missions fondatrices qui régissent et nourrissent l'ensemble de ses activités :
- Recherche fondamentale et appliquée ;
- Gestion et conservation des collections ;
- Enseignement et pédagogie ;
- Diffusion des connaissances ;
- Expertise.