A UFF foi criada pela Lei nº 3.848, de 18 de dezembro de 1960, com o nome de Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro (Uferj), a partir da integração de unidades no município de Niterói: cinco faculdades federais (Direito, Medicina, Odontologia, Farmácia e Veterinária), três escolas estaduais (Engenharia, Serviço Social e Enfermagem) e duas faculdades particulares (Filosofia e Ciências Econômicas) federalizadas e incorporadas.
A Lei nº 4.831, de 5 de novembro de 1965, modificou o nome para Universidade Federal Fluminense (UFF).
Saiba mais sobre a história da UFF no site da universidade, em http://www.uff.br/?q=uff/hist%C3%B3ria. A cronologia está em http://www.uff.br/?q=uff/cronologia-da-uff.