O Instituto Oceanográfico é uma instituição pública dedicada ao estudo das Ciências do Mar. Visa ministrar e realizar pesquisas em caráter de excelência, bem como promover atividades culturais em benefício da sociedade. É seu objetivo ser uma instituição de referência e na transmissão do conhecimento sobre os oceanos e, também, contribuir para respostas aos problemas de ordem local e global, relacionados ao clima e exploração sustentada dos ecossistemas marinhos.
O IOUSP é constituído por dois departamentos, Oceanografia Biológica e Oceanografia Física, Química e Geológica. Conta com cerca de 50 docentes e 200 servidores não-docentes.
Tanto na Graduação quanto na Pós-Graduação, os temas relacionados à observação dos fenômenos e processos marinhos são desenvolvidos em aulas e a bordo do Navio Oceanográfico "Alpha Crucis" e dos barcos de pesquisa "Alpha Delphini", "Albacora" e "Veliger II". Também contam com Bases Costeiras de Ensino e Pesquisa "Dr. João de Paiva Carvalho", situada em Cananéia, e "Clarimundo de Jesus", localizada em Ubatuba.