Đoàn trường THPT Kim Liên được biết tới không chỉ là nơi tổ chức các hoạt động rèn luyện chính trị - tư tưởng, học tập cho các Đoàn viên – Thanh niên mà còn chấp cánh cho nhiệt huyết tuổi trẻ qua các hoạt động ngoại khóa ý nghĩa và lí thú. Trong những năm học vừa qua, Đoàn trường đã không ngừng đổi mới, phát huy, có những bước phát triển mới về nội dung và phương thức hoạt động. Đoàn trường kết hợp cùng các Chi đoàn thực hiện các phong trào hiệu quả, trên cơ sở đó đã gặt hái được những thành tích đáng kể như: nhận danh hiệu lá cờ đầu do Trung Ương Đoàn trao tặng, đạt được nhiều giải thưởng trong các cuộc thi do Quận Đoàn Đống Đa và Thành Đoàn Hà Nội tổ chức… Ngoài ra, có thể kể đến một số hoạt động nổi bật khác như: Sen Trong Phố, chương trình kỉ niệm 40 năm thành lập trường THPT Kim Liên, Tuổi trẻ Kim Liên, Project 12… đã để lại những dấu ấn khó phai mờ trong mỗi thế hệ học sinh Kim Liên. Ban chấp hành Đoàn trường THPT Kim Liên, qua từng năm học, hứa hẹn sẽ mang đến những màu sắc mới mẻ hơn, tươi trẻ hơn với sự cố gắng, nỗ lực của một tập thể cùng sức trẻ, sự năng động và lòng nhiệt huyết