旗山朝天宮是旗山鎮上的兩間媽祖廟其中之一,
其媽祖神像於嘉慶二十七年由北港朝天宮分靈而來,
後於舊五保一帶輪流奉祀,信徒稱為北港媽。
民國四十八年,媽祖降駕於鎮民鄭雨之竹林中親點廟地,
此地當乃蜈蚣展鬚之穴,地主鄭雨於是捐地建廟,
廟宇在信徒門的協心齊力下於民國五十一年完成。
當初整地之時,挖出三具先人之骸骨,
媽祖示下建廟完成後於廟旁建祠讓其共享香火,
也就是今廟旁之萬聖祠。
朝天宮媽祖源自北港,
建廟後又自湄洲祖廟恭請一尊湄洲媽祖來台,
並取湄洲香火於台塑一媽祖神像,亦稱湄洲媽祖。
但旗山朝天宮現今亦是往北港朝天宮進香過爐延續北港香火。