Büyük bir tarımsal potansiyele sahip olan Güneydoğu Anadolu Bölgesinin, kalkınması ve tarımsal sorunlarının çözümü amacıyla 1962 yılında Tarım Bakanlığı'nın 20.06.1962 tarihli Olurları ile Enstitümüz Diyarbakır da kurulmuştur.
Bölge Zirai Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü olarak 1963 yılında Teknik Ziraat Müdürlüğünün binalarında, 1964 yılında şehir merkezindeki kiralık binalarda faaliyetini sürdürürken, 1974 yılında bugünkü kampüsüne taşınmıştır.
Başlangıçta Ziraat İşleri Genel Müdürlüğüne bağlı iken daha sonra Tarımsal Araştırmalar Genel Müdürlüğüne bağlanmıştır.