ระบบการเรียนการสอนที่สถาบันคณิตศาสตร์วันทูวัน เป็นระบบที่มุ่งส่งเสริมให้นักเรียนของสถาบันทุกคนได้เรียนรู้อย่างเต็มศักยภาพและความสามารถของตนเอง โดยเริ่มต้นด้วยการทดสอบวัดระดับความสามรถนักเรียนก่อนเรียน จากนั้นจึงเข้าสู่ขั้นตอนการวางระบบแผนการเรียนที่เหมาะสมและตรงกับระดับความสามารถของเด็กนักเรียนเป็นรายบุคคล ในส่วนของระบบการสอนนั้นทางสถาบันจะจัดครู 1 คนดูแลนักเรียนไม่เกิน 5-10 คน โดยจะมีระบบวัดผลการเรียน ระบบการสอบผ่านระดับ และการติดตามผลการเรียนของนักเรียนที่โรงเรียนอย่างต่อเนื่องเป็นรายบุคคล โดยเปิดสอนและสามารถสมัครเรียนได้ตลอดทั้งปี และในช่วงก่อนสอบกลางภาคและปลายภาคมีติวทบทวนความรู้ก่อนสอบโดยให้ทำแนวข้อสอบและแก้ไขจุดบกพร่องของเด็กแต่ละคนก่อนทำการสอบจริงในโรงเรียน