إن نشأة جامعة أم القرى في بلد الله الحرام يضفي عليها طابعاً مميزاً كمؤسسة علمية وثقافية تهتم أول ما تهتم بالعقيدة الصحيحة وترسيخ المفاهيم الإسلامية، في مختلف مجالات العلوم والفنون، كما تسهم في تنمية القوى البشرية وتوفير الخدمات المطلوبة على مستوى القطاعين العام والخاص، وفق احتياجات التنمية السريعة للبلاد، وفيما يلي أهم الأهداف التي ما زالت تسعى الجامعة لتحقيقها حسب نظام الجامعة الصادر بقرار مجلس الوزراء رقم 190 بتاريخ 19/9/1401هـ:
علوم الفقه والعقيدة الإسلامية وما يتصل به.
العلوم الطبيعية والتطبيقية.
العلوم الإنسانية والاجتماعية واللغات.