O departamento de Formação da Fundação AMA encontra-se certificado pela DGERT para ministrar formação nas seguintes áreas :
311 Psicologia
726 Terapia e Reabilitação
761 Serviços de apoio a crianças e jovens.
O departamento de formação pretende contribuir para a aquisição de competências na área das Perturbações do Espectro do Autismo, por parte de técnicos de saúde e educação, assim como do estudante e da população em geral, contribuindo ativamente para a inclusão desta população e para a diminuição da descriminação social.
Paralelamente, a Fundação AMA desenvolve formações à medida das necessidades que vão sendo levantadas, podendo entrar em áreas mais genéricas e ajustadas a outras realidades do mercado de trabalho.
O departamento de formação, atualmente certificado pela DGERT, junta-se a outro conjunto de atividades de economia social que pretendem criar a autossustentabilidade económica da Fundação, melhorando a qualidade dos serviços na área social, assim como as suas infraestruturas.