O CIIMAR-Madeira é uma Associação de direito privado, sem fins lucrativos que foi constituída em Março de 2010. O objeto social da associação é o exercício de atividade de investigação científica no âmbito das Ciências do Mar e Ambiente, prestação de serviços, desenvolvimento de atividades de divulgação científica e de atualização de conhecimentos, ações de transferência de tecnologia para o tecido empresarial, bem como apoio à decisão a nível de empresas, organismos estatais e políticas regionais, envolvimento na realização de cursos de pós-licenciatura, nomeadamente a nível de mestrados, doutoramentos e pós-doutoramentos.