Las Prefecturas Regionales son responsables de la coordinación, control y orientación a las autoridades políticas designadas bajo su competencia. Colaboran con los diversos sectores en el seguimiento del desarrollo y ejecución de las políticas nacionales y públicas, en coordinación con la Presidencia del Consejo de Ministros. Su competencia es de ámbito regional y realizan sus funciones conforme a los lineamientos dispuestos por la ONAGI.