La misión del Museo Nacional Afroperuano es narrar sin apasionamiento la etapa de nuestra historia relacionada a la esclavitud y reflexionando sobre este hecho histórico. Del mismo modo el conocer el aporte de los afroperuanos a la cultura e identidad nacional.
La visión del Museo Nacional Afroperuano es ayudar a desarrollar y fortalecer la identidad de los afrodescendientes y de los peruanos en general. Para de esta manera colaborar, en algo, a desterrar la discriminación, el racismo y otras formas de exclusión.
Para lograr estos objetivos el Museo Nacional Afroperuano se constituye de manera permanente y sin fines económicos a la conservación y adquisición de objetos relacionados con la presencia afro en nuestro país. Igualmente a la investigación y difusión de información de esta etapa de nuestra historia.
Para cumplir con esta meta de difusión de información el Museo Nacional Afroperuano se vale de exposiciones permanentes y temporales. Así como charlas, seminarios, talles, conversatorios, entre otras actividades.