La Secretaría de la Contraloría tiene como atribuciones fundamentales la vigilancia, fiscalización y control, de los ingresos, gastos, recursos y obligaciones de las dependencias y organismos auxiliares de la Administración Pública del Estado de México, así como lo relativo a la manifestación patrimonial y responsabilidades de los servidores públicos, la atención y resolución de quejas, y la promoción de la participación organizada de los ciudadanos en la vigilancia de obras públicas y programas sociales.