La escuela Preparatoria Yucatán fue fundada en 1979, gracias a la inspiración del Mons. Luis Miguel Cantón Marín y un grupo de visionarios que en todo momento apoyaron este proyecto. Durante un año funcionó en el local de la escuela Avelino Montes Linaje, hasta después trasladarse al lugar que actualmente ocupa.
Inicialmente la escuela fue creada para dar estudios de bachillerato a los estudiantes del Seminario Menor. Ahora, 25 años después, la preparatoria Yucatán renueva sus fuerzas y se encuentra en un año intenso de cambios aunque aún conserva aquel objetivo que la originó: ofrecer a los seminaristas y a la población una educación católica de calidad, centrada en los valores y en la fe.