Como Junta promover la coordinación interinstitucional para que las políticas y programas que se apliquen en la región de la JICOSUR sean más eficaces, eficientes y oportunos. Promover la participación organizada de los municipios, sectores productivos, organizaciones sociales, instituciones educativas, dependencias para generar, aplicar y difundir el conocimiento, sobre la función e importancia del medio ambiente. Fortalecer las capacidades de los municipios para el manejo de sus residuos sólidos urbanos e hídricos. Consolidar y fortalecer institucionalmente a la JICOSUR, logrando su reconocimiento como instrumento técnico de gestión e implementación de proyectos y programas que favorezcan el desarrollo integral ambiental de la región.