Está organizado en fondos, contiene cerca de 375 millones de hojas que en longitud equivalen aproximadamente a 52 kilómetros. Sus registros más antiguos datan de la tercera década del siglo XVI hasta el año 2012.
El AGN busca preservar, incrementar y difundir el patrimonio documental del país, además de promover la organización de archivos administrativos actualizados con el fin de salvaguardar la memoria nacional de corto, mediano y largo plazo, y contribuir a la transparencia y rendición de cuentas en el ejercicio del poder público.