يهدف مشروع المفكر الصغير إلى تحسين وتطوير القدرات التفكيرية لدى الطالب، وإكسابه مهارات تفكيرية غير تقليدية تختلف عن النمط المدرسي – وذلك من أجل الارتقاء بالمستوى التفكيري والتحصيل العام لدى الطالب وبالذات الطلاب المتفوقين والموهوبين.
يزور الطلاب المشاركين في دورات المفكر الصغير الجامعات والمعاهد العليات بفترات متقاربة.