Sekolah ini didirikan pada tahun 1958. Dahulu SD ini bernama SD ST.Paulus ketika pertama kali berdiri.Kemudian sekolah in berganti nama menjadi SD ST.antonius. Memasuki tahun 1990-an. Sekolah ini pecah menjadi 2 yakni SD ANTONIUS V DAN VI . SD ST ANTONIUS 6 kemudian pindah ke jln menteng gg benteng pada tahun 2010 . Antonius 5 tetap di jalan H.M joni