Pondok Pesantren An-Nidhom didirikan dan diasuh oleh Al-Mukarram KH. Ja’far Shodiq, beliau adalah Tokoh Kyai/Mubaligh Kondang Se-Wilayah III Cirebon, sekaligus sosok Ulama/guru yang sabar, komitmen dan penuh tanggungjawab dalam kehidupan sehari-harinya, terutama dalam mendidik dan mengajar santri-santrinya.
Pondok Pesantren An-Nidhom merupakan salah satu Lembaga Pendidikan Agama Islam formal yang masih tetap eksis dan berkomitmen sebagai sarana pendidikan yang mumpuni di bidang pendidikan, yang mengedepankan Prinsip-prinsip Syariah dan Akhlaqul karimah.