Nama-nama Kepala MANU Putra
1) Prof. Dr. KH. MA. Fuad Hasyim (1983 - 1984)
2) KH. Fachruddin Mulyono (1984 - 1986)
3) KH. Hasanudin Kriyani, BA (1986 - 2000)
4) Drs. KH. Hasyim Abkari (2000 - 2005)
5) Drs. KH. Yusuf Ma'mun, MM (2005 - 2012)
5) KH. Ade Moh. Nasih, Lc (2012 - Sekarang)