Gereja Kristen Jawa Wisma Kasih Mangunharjo (GKJ WKM) awalnya adalah merupakan bagian dari pengembangan wilayah Gereja Kristen Jawa Wisma Panunggal Mrican (GKJ WPM), yang waktu itu disebut dengan GKJ WPM Wilayah Timur. Kemudian dengan perkembangan waktu pada tanggal 15 Januari 2002 dibentuk Panitia Pendewasaan GKJ WPM Wilayah Timur dengan Surat Keputusan Majelis GKJ WPM No.233/WPM/I/2002.
Setelah segala sesuatu dipersiapkan oleh Panitia bersama dengan seluruh warga jemaat, maka dengan memperhatikan dan menindaklanjuti Akta Sidang Klasis Gereja-gereja Kristen Jawa Semarang Timur XXIV, pada tanggal 30 Agustus 2003 didewasakanlah GKJ WPM WIlayah Timur menjadi GKJ Wsima Kasih Mangunharjo, dengan Pdt Johanes Wibowo, S.Th sebagai pendeta Jemaat.