Didirikan pada 8 Februari 1975 oleh dua gereja terbesar di Nusa Tenggara Timur yakni Gereja Kristen Sumba dan Gereja Masehi Injili di Timor dengan nama Akademi Teologi Kupang. Berkembang menjadi Sekolah Tinggi Teologi Kupang dan akhirnya menjadi ibu yang melahirkan Univesitas Kristen Artha Wacana Kupang.