A PRTA "elsődleges feladatának tekinti a református lelkipásztorok legmagasabb színtű képzését és továbbképzését, a teológiai tudományok művelését. Ennek érdekében - a Kárpát-medencei magyar református hittudományi egyetemekhez hasonlóan - osztatlan mesterképzésben képez lelkipásztorokat, ezzel is biztosítva ezen intézmények között mindig is meglévő átjárhatóságot. Történelmi örökségéből fakadóan elsősorban a Dunántúli Református Egyházkerület területén levő gyülekezetek legmagasabb szintű szellemi központjaként kíván működni, figyelembe véve a Kárpát-medence magyar reformátusságának közös lelki-szellemi örökségét is. Ápolja és továbbviszi a magyarországi reformáció és az egyetemes keresztyénség közös lelki, szellemi és kulturális hagyományait.
Együttműködik a magyar felsőoktatási és kulturális intézményekkel, egyházi és kulturális szervezetekkel, magyar és külhoni teológiai főiskolákkal, egyetemekkel és intézményekkel. Az oktatást, a nevelést, és a kutatást szakmai és ökumenikus nyitottsággal, a Biblia alapján, valamint Református Egyházunk elfogadott hitvallásai – a Heidelbergi Káté és a II. Helvét Hitvallás – szellemében kívánja folytatni.
Mindezt magyar nemzetünk iránti elkötelezettséggel, egyházunk építésére és Isten dicsőségére szeretné végezni." (Küldetésnyilatkozat)