A Duna-Dráva Nemzeti Park Igazgatóság illetékességi területe közel 1,5 millió hektárnyi kiterjedésű, és felöleli Baranya, Somogy és Tolna megye csaknem teljes területét. Ezen felül átnyúló területek vannak Bács-Kiskun és Fejér megyékben. A védett területek összesen megközelítik a 90 ezer hektárt, amiből a legmagasabb védettségi kategóriát jelentő nemzeti park közel 50 ezer hektárt ölel fel. A nemzeti parki szintű védelem indoka a dunai és drávai területeken még meglevő élő és élettelen természeti értékek védelme, különös tekintettel a folyók, mellék- és holtágrendszerek élővilágának megóvására. Igazgatóságunk öt tájvédelmi körzetet (Boronka-melléki, Kelet-Mecsek, Zselici, Dél-mezőföldi, Nyugat-Mecsek) felügyel, megközelítőleg 40.000 hektáron. Az illetékességi területén 19 természetvédelmi terület található.