A Központi Iskolából elsőként kiválva 1988-tól önálló igazgatású intézményként kezdte meg működését. Ekkor sikerült Szentendre városának a Kovács László úti épületben kisebb átalakítás után négy új tanteremmel bővíteni az iskolát. Ez évtől Kovács László úti Általános Iskola néven önálló intézményként működött tovább. Az épület azonban 1996-ban újra katasztrofális helyzetbe került, a falak, a tető megroggyant. A még használható termekben két osztályt kellett elhelyezni, hogy az oktatást folytathassák. Az életveszélyessé vált épületből ki kellett költöztetni az osztályokat a GESZ Pannónia úti épületének iroda helyiségeibe. Itt két évig, minden korábbinál mostohább körülmények között működött az iskola, majd a város és az akkori képviselőtestület segítségével megindult az épület átépítése, bővítése. 1998-ban újabb hat tantermes szárnnyal bővült az intézmény. Így ma tíz tágas, világos, igényesen kialakított tanterem várja a diákokat. Tornateremmel ugyan nem rendelkezik, de sportpályát és tornaszobát kialakítottak az iskolának.
2000. május 17-én az itt folyó oktatómunka elismeréseként felvehették a nagy nevelő, Bárczi Gusztáv nevét.
2003-ban újabb változás állt be az iskola életében. Ekkor a pénzzavarral küszködő város valamennyi nem kötelező feladatát, így a gyógypedagógiai ellátást is átadta a Pest Megye Önkormányzatának.
2008 szeptember 1-től az intézmény a váci Cházár András Többcélú Közoktatási Intézmény tagintézménye lett.
Az iskola szakmai fejlődésének ugrásszerű megindulása a 90-es évek elejére tehető. Ennek okai voltak: a közoktatás átfogó reformjának megindulása, mely a gyógypedagógiát sem kerülte el, valamint a tantestület összetételében bekövetkezett kedvező változás, a megfelelő szakos ellátás biztosításával. Ekkor indította el az intézmény a tanulásban akadályozott tanulók ellátása mellett az értelmileg akadályozottak integrált oktatását. Megkezdődött a gyógytorna, az alapozó terápiák, a tantárgycsoportos oktatási forma, a teljes körű logopédiai ellátás, a speciális részképesség fejlesztő program. Több új tanítási-tanulási eljárás is ekkor került bevezetésre.