Pécs városa az ország délnyugati szélén, a horvát határ közelében található. Délebbi fele sík, míg az északi része a Mecsek hegység déli lankáira kúszik fel, és völgyeibe nyúlik be. Pécs földrajzi helyzete klimatikus szempontból kiemelkedően kedvező a még ma is jelentősen erdősült terület határán. A fülledt nyári napokon esténként a Mecsekről meginduló légáramlás hűti és tisztítja a város levegőjét.[18] A város délről nyitott, északról védi a Mecsek vonulata, amely dél felől, a Pécsi-síkság átlag 120-130 méter közötti magasságából hirtelen emelkedik 400-600 méter magasságig. A Nyugati-Mecsekben található Jakab-hegy 592 m magas, közvetlen Pécs felett a Közép-Mecsekben a Tubes 612 m, a Misina 535 m.[19] A településrészek átlagosan 200–250 m magasságig kúsznak fel a hegy lejtőire, vonatkozik ez Pécsbányára, Mecsekszabolcsra, Vasasra és Somogyra is. A szőlőterület egy viszonylag keskeny sávra húzódott vissza. Az erdősült részek általában 300 méterről indulnak. A Mecseket több völgy tagolja, amelyeknek nagy szerepe van a meleg klímájú vízfelületek nélküli város légkörének javításában. A Mecsekről leérkező vizeket az ÉK-DNY irányban futó Pécsi-víz gyűjti össze és vezeti a Fekete-vízbe, az pedig a Drávába torkollik.