Η Ελεύθερνα βρίσκεται στην καρδιά της Κρήτης, στις βόρειες υπώρειες του Ψηλορείτη, 25 χλμ. ΝΑ του Ρεθύμνου και 5 χλμ. από το θρυλικό Μοναστήρι του Αρκαδιού, γνωστό από τον αγώνα της νεότερης ιστορίας του νησιού.Έχει παραμείνει αλώβητη από σύγχρονες επεμβάσεις και είναι χαρακτηρισμένη ήδη από το 1972 ως «τοπίο ιδιαίτερου φυσικού κάλλους» και ως προστατευόμενος αρχαιολογικός χώρος.