Το Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.) στα Πληροφοριακά Συστήματα του Πανεπιστημίου Μακεδονίας λειτουργεί από το 1996. Σκοπός του είναι η ειδίκευση στις εφαρμογές των Τεχνολογιών Πληροφορικής και Επικοινωνιών (ΤΠΕ) στην Οικονομία, Κοινωνία, Εκπαίδευση, Οργάνωση, Διοίκηση, Λογιστική και Χρημαοτοικονομική και στην ανάπτυξη της έρευνας στους συναφείς τομείς.
Το Δ.Π.Μ.Σ. στα Πληροφοριακά Συστήματα οδηγεί στην απονομή των εξής Ακαδημαϊκών Τίτλων:
α) Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μάστερ) στα Πληροφοριακά Συστήματα
β) Διδακτορικό Δίπλωμα στα Πληροφοριακά Συστήματα