Το 1999 έγινε η μετεγκατάσταση στο σημερινό κτιριακό συγκρότημα, όπου και λειτουργεί ως 1ο ΕΠΑΛ Καναλακίου. Στους χώρους που το φιλοξενούν υπάρχει Βιβλιοθήκη, Αμφιθέατρο, Αίθουσα προβολών, Αίθουσα Η/Υ, Εργαστήρια για τις ειδικότητες και Αγρόκτημα. Στο προαύλιο του σχολείου υπάρχει εγκατεστημένο από το 2005, πρότυπο φωτοβολταϊκό σύστημα.
Το 1ο ΕΠΑΛ Καναλακίου οργανώνει κάθε χρόνο μια πλειάδα εκπαιδευτικών δράσεων και προγράμματων στους τομείς του Πολιτισμού, της Αγωγής Υγείας και της Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης που στοχεύουν στην ευαισθητοποίηση των μαθητών, αλλά και της ευρύτερης τοπικής κοινωνίας.