Η Σχολή Εφαρμοσμένων Επιστημών του ΤΕΙ Κρήτης με έδρα τα Χανιά αποτελείται από τρία Τμήματα. Τα τμήματα Ηλεκτρονικών Μηχανικών και Μηχανικών Φυσικών Πόρων & Περιβάλλοντος με έδρα τα Χανιά και το Τμήμα Μηχανικών Μουσικής Τεχνολογίας & Ακουστικής με έδρα το Ρέθυμνο. Το Τμήμα Ηλεκτρονικών Μηχανικών, το πρώτο τμήμα του ΤΕΙ Κρήτης στα Χανιά δημιουργήθηκε το 1985 ως τμήμα της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών με έδρα το Ηράκλειο.
Το 1999 ιδρύθηκε το δεύτερο Τμήμα στα Χανιά, με την ονομασία «Τμήμα Συστημάτων Διαχείρισης Φυσικών Πόρων» το οποίο το 2003 μετονομάσθηκε σε «Τμήμα Φυσικών Πόρων & Περιβάλλοντος» και συγκρότησε μαζί με το Τμήμα Ηλεκτρονικής το «Παράρτημα Χανίων». Το Παράρτημα Ρεθύμνου ιδρύθηκε το 1999 με το Τμήμα Μουσικής Τεχνολογίας & Ακουστικής. Με την εφαρμογή του σχεδίου «Αθηνά» και την ίδρυση της Σχολής Εφαρμοσμένων Επιστημών το Τμήμα μετονομάστηκε σε Τμήμα «Μηχανικών Μουσικής Τεχνολογίας & Ακουστικής» με έδρα το Ρέθυμνο.