Το Τμήμα ιδρύθηκε το 1990 ως Τμήμα Πληροφορικής, δέχτηκε τους πρώτους φοιτητές του το 1993 ενώ από το 1998 διαθέτει οργανωμένο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών. Μέσα σε αυτά τα χρόνια, το Τμήμα έχει εξελιχθεί σε ένα από τα κορυφαία Τμήματα Πληροφορικής στην Ελλάδα, έχοντας εξασφαλίσει υπερσύγχρονες υποδομές για διδασκαλία και έρευνα, έχοντας καταρτίσει Πρόγραμμα Σπουδών με βάση τα διεθνή πρότυπα, και έχοντας αναπτύξει διεθνείς συνεργασίες και εξασφαλίσει συμμετοχή σε εθνικά και ευρωπαϊκά ερευνητικά και αναπτυξιακά προγράμματα. Από τον Ιούνιο 2013, το Τμήμα μετεξελίχθηκε σε Τμήμα Μηχανικών Ηλεκτρονικών Υπολογιστών και Πληροφορικής με 5ετή κύκλο σπουδών.