ينقسم الهيكل التنظيمي للمخابرات العامة المصرية إلى عدة مجموعات، بحيث يرأس كل مجموعة أحد الوكلاء ممثلاً لرئيس الجهاز. كما يحتوى الجهاز على مبنى يحوي لمكتبة ضخمة وآخر للمعامل.
يقع المقر الرئيسى للجهاز بضاحية حدائق القبة بالقاهرة، وهو مركز محصن نتيجة لوجود قصر القبة في الجهة الشرقية، ومستشفى وادى النيل (التابعة للجهاز) في الجهة الغربية، وإسكان الضباط في الجهتين الشمالية والجنوبية، فضلاً عن الحراسة المشددة عليه والكاميرات التلفزيونية المسلطة على المنطقة المحيطة ليلاً ونهاراً. يحيط بالمبنى سور يبلغ ارتفاعه خمسة أمتار.