Store Magleby är en stadsdel i Köpenhamn som ligger på Amager mellan Tårnby och Dragør i Danmark.Området ligger i Store Magleby socken i Dragørs kommun. Platsen gränsar till Kastrups flygplats och håller på att växa samman med Dragør. Amagermuseet ligger i Store Magleby. Där ligger också Store Magleby kyrka.