El Museo inició el 14 de Julio de 2009 a través del Convenio de Asociación N° 000159 celebrado entre el Departamento Norte de Santander y la Fundación Museo Centenario Norte de Santander y Ciudad de Cúcuta que entrega en comodato la casa museo ubicado en la Calle 14 1-03 del Barrio La Playa.
Durante los últimos dos años, le ha apostado a la des centralización de la programación cultural llegando de manera directa a cada una de las comunas de la ciudad de Cúcuta y a los demás municipios del área Metropolitana, desarrollando programas relacionados con la memoria y el patrimonio en el fortalecimiento de la Identidad Nortesantandereana.
El Museo cuenta con el apoyo del Ministerio de Cultura, programa Nacional de Concertación y la Gobernación de Norte de Santander a través de la Secretaria de Cultura departamental.