Ubicado en el Centro Histórico de la ciudad, es el primer museo creado en el siglo XX en el área de las ciencias naturales en Colombia; desde entonces se consolida como un centro de estudios en diversidad biológica y cultural. A través de diversos dioramas y del arte de la taxidermia, hace una representación de los ecosistemas de Colombia y del mundo, mostrando animales, piezas arqueológicas, paleontológicas y minerales entre otros, que recobran vida dentro del museo. Se ofrecen servicios educativos como recorridos guiados, visitas especializadas y talleres. Entrada libre durante la Jornada de Puertas Abiertas el último domingo de cada mes.