En el año 1999 el pueblo de Gualliguaica fue inundado por las aguas del embalse Puclaro. Sus habitantes vivieron el éxodo hacia una nueva localidad. A partir de ahí, no sólo reconstruyeron sus casas y espacios comunitarios, sino también su propia identidad y memorias.
La actual edificación del Museo de Gualliguaica es una réplica de la estación ferroviaria del antiguo pueblo. En su interior alberga la muestra permanente compuesta por una colección de objetos y documentos donados por los vecinos.