A Susepe é responsável pela execução administrativa das penas privativas de liberdade e das medidas de segurança. A rede prisional administrada compreende unidades classificadas por fundação, albergues, penitenciárias, presídios, colônia penal e instituto penal. Organizadas por região, as casas prisionais estão distribuídas na capital e interior do Estado, acolhendo presos do regime aberto, semiaberto e fechado.