O início da devoção a São Judas Tadeu na cidade de São Paulo está ligada à fundação da Paróquia de São Judas Tadeu no dia 25 de janeiro de 1940, bairro do Jabaquara, em São Paulo. A Paróquia foi criada pelo Arcebispo Dom José Gaspar de Affonseca e Silva, que também criou outras 24 paróquias na época. A cidade estava crescendo e precisava de mais igrejas.
No dia 18 de novembro de 1997, foi publicado o decreto de Dom Paulo Evaristo Arns, Arcebispo de São Paulo na época, elevando a Igreja de São Judas Tadeu Apóstolo à categoria de Santuário. Desde então, a Paróquia passou a ser, oficialmente um Santuário. Na verdade, foi o povo, com sua fé e devoção, que fez isso acontecer, elegendo essa igreja dedicada a São Judas Tadeu como um lugar sagrado de “refrigério para suas aflições e consolo para seus problemas”.