Desmembrada da Paróquia Sagrado Coração de Jesus, nossa paróquia é criada em função do crescimento da Comunidade São Francisco de Assis, fundada em 01/01/1981. O então bispo de Campo Limpo, Dom Emílio Pignoli, tinha a intenção de reforçar as estruturas e presença da Igreja através da formação de novas paróquias. Dentro deste projeto, a nova paróquia nasce com o dever de ampliar o atendimento pastoral nos bairros de Jardim Maria Virgínia e Jardim Faria Lima.
A inclusão de Santo Estêvão como co-padroeiro da 95ª paróquia da Diocese de Campo Limpo foi sugestão do Diácono Permanente Divino Damasceno, que havia solicitado a escolha de santos diáconos como padroeiros para as novas paróquias, bem como ao fato de Dom Emílio ter sido batizado a 26 de dezembro, festa do protomártir.
A Paróquia São Francisco e Santo Estêvão foi canonicamente instalada em 16/12/2007, em Missa estacional presidida por Dom Emílio Pignoli, concelebrada pelos padres: Monsenhor Luiz Parede, Carlos Lozada, Anderson Moraes, e Alessandro Carvalho de Faria. No mesmo dia, Padre Alessandro é empossado como Administrador Paroquial e, em outubro de 2009, o novo Bispo, Dom Luiz Antônio, confirma o Padre Alessandro como primeiro Pároco de nossa Paróquia.