A partir de 2015, o Instituto Federal Farroupilha começou a utilizar o Exame Nacional do Ensino Médio (Enem) como forma de seleção para os cursos Técnicos Subsequentes e Superiores. Para os Cursos Técnicos Subsequentes ao Ensino Médio, 100% das vagas têm como forma de ingresso as notas do Exame Nacional do Ensino Médio (ENEM). Para os Cursos Superiores, também 100% das vagas oferecidas têm como forma de ingresso as notas do Exame Nacional do Ensino Médio, por meio do Sistema de Seleção Unificado (SISU).
No Campus São Borja são ofertadas anualmente 60 vagas para o Curso Técnico em Informática Integrado; 60 vagas para o Curso Técnico em Eventos Integrado; 30 vagas para o Curso Técnico em Eventos Subsequente; 30 vagas para o Curso Técnico em Cozinha Subsequente; 35 vagas para Licenciatura em Física; 30 vagas para Licenciatura em Matemática; 30 vagas para o Bacharelado em Sistemas de Informação; 30 vagas para o curso de Tecnologia em Gestão de Turismo; 30 vagas para o curso de Tecnologia em Gastronomia; 35 vagas para o curso Técnico em Cozinha Proeja e 40 vagas para o Curso Técnico em Informática para Internet na modalidade de educação a distância para os polos de Santa Maria, Não-Me-Toque; Sobradinho e Panambi.
Para os Cursos Técnicos Subsequentes, a instituição utilizar a nota do ENEM como critério de seleção, valendo as notas de exames prestados nos últimos três anos.