A estrutura administrativa do Governo tem 33 secretarias e 6 órgãos: Procuradoria Geral do Estado (PGE), Junta Comercial do Estado do Maranhão (JUCEMA), Defensoria Pública do Estado, Controladoria Geral do Estado, Corregedoria Geral do Estado e Empresa Maranhense de Administração Portuária (EMAP).