A FUNDEMA tem a missão de fiscalizar o correto gerenciamento dos recursos naturais, bem como buscar soluções para os problemas ambientais decorrentes da ocupação humana. É responsável por executar a política do meio ambiente, bem como, realizar estudos e executar projetos na área ambiental. Além disso, cabe ao órgão promover à sustentabilidade por meio de ações de cunho ambiental e educacional garantindo às presentes e futuras gerações a expressão da vida em todas as suas formas.