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A origem do Instituto Gonçalo Moniz (IGM / Fiocruz Bahia) está relacionada à união de esforços das esferas de governo federal e estadual, com o objetivo de sedimentar bases sólidas para a pesquisa científica, o desenvolvimento tecnológico e a formação de recursos humanos qualificados para o enfrentamento de problemas de saúde pública no estado da Bahia, sobretudo aqueles relacionados às doenças infecto-contagiosas de caráter epidêmico.

Neste contexto, destaca-se como marco histórico inicial da instituição o dia 3 de abril de 1950, quando a lei nº 262, promulgada pelo então governador da Bahia, criou a Fundação Gonçalo Moniz, sediada no bairro do Canela, na cidade de Salvador. Desta maneira, a entidade tinha como finalidade manter e desenvolver os serviços de um Instituto de Saúde Pública, com foco na realização de exames laboratoriais e produção de vacinas e soros demandados pelo Estado, bem como na formação de pessoal técnico-especializado em colaboração com universidades e demais estabelecimentos de pesquisa.

Posteriormente, em 1957, o Núcleo de Pesquisas da Bahia (NEP) foi criado por meio de um convênio entre o Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz), o Instituto Nacional de Endemias Rurais (INERU) e a Fundação Gonçalo Moniz. Tal ação teve como finalidade estudar endemias parasitárias no estado da Bahia, momento em que se fortalece a colaboração entre os governos federal e estadual, desenvolvendo um ambiente propício para a constituição de atividades ligadas à ciência, tecnologia e inovação na área da saúde no estado da Bahia.

No dia 22 de maio de 1970, por meio do Decreto 66.624, o NEP foi incorporado à Fiocruz e passou a ser denominado de Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Dez anos depois, em 27 de outubro de 1980 o CPqGM se tornou uma unidade técnico-científica da Fundação Oswaldo Cruz. Atualmente, o CPqGM tem como foco o estudo de doenças infecciosas e parasitárias, na realização de exames anatomopatológicos, além de abrigar dois cursos de pós-graduação stricto sensu em níveis de mestrado e doutorado.