A Federação tem o propósito de unir, orientar, defender e representar as atividades e categorias econômicas do empresariado catarinense, fortalecendo o setor terciário. Além de congregar os sindicatos patronais, que agem nas esferas regionais e municipais. Para isso, oferece produtos e serviços, como pesquisas de mercado e econômicas, câmaras setoriais e certificação de origem e digital. Através da articulação política nas diversas esferas, contribui tanto para o desenvolvimento do comércio quanto do Estado.
Para representar com mais eficiência os interesses dos empresários catarinenses, a Fecomércio conta com uma gestão descentralizada setorial e regionalmente. São 16 dirigentes eleitos em mandato de quatro anos, que representam os setores do comércio de bens, serviços e turismo, em todas as regiões de Santa Catarina.