A FAPESC tem por finalidade o fomento à pesquisa científica e tecnológica, para o avanço de todas as áreas do conhecimento, o equilíbrio regional, o desenvolvimento sustentável e a melhoria da qualidade de vida da população de Santa Catarina, com base nos princípios estabelecidos pelos arts. 144, inciso XII, e 176, 177 e 193 da Constituição do Estado de Santa Catarina de 1989.