Em 1825, logo após a Confederação do Equador, foi criado, por decreto do presidente provincial José Carlos Mairink da Silva Ferrão, com o nome de Liceu Provincial de Pernambuco, também chamado Liceu Pernambucano, funcionando nas dependências do Convento do Carmo.
Em 1844 foi transferido para a rua Gervásio Pires, para logo depois instalar-se no prédio da Alfândega e, em seguida, para um prédio no mesmo bairro, onde funcionava a Companhia dos Operários Engajados.
Em 1846 foi para a casa de sessões do júri e, pouco tempo depois, para a rua da Praia, mudando-se logo a seguir para a rua do Hospício, onde ficou até 1850.
Em 14 de maio de 1855 mudou de nome, para Ginásio Pernambucano.
Em 9 de dezembro de 1859 recebeu a visita do Imperador Pedro II, que veio ver a construção de seu novo prédio, na Rua da Aurora, cuja pedra fundamental fora posta em 15 de agosto de 1855, um projeto de José Mamede Alves Ferreira.
Em 1 de dezembro de 1866 instalou-se em suas novas dependências.
Em 1893, no governo de Alexandre José Barbosa Lima, recebeu o nome de Instituto Benjamin Constant, porém voltou rapidamente à antiga denominação.
Em 1942 mudou novamente a denominação para Colégio Pernambucano e, logo a seguir, para Colégio Estadual de Pernambuco.
Por decreto do governador Eraldo Gueiros Leite, de 31 de dezembro de 1974, volta à antiga denominação de Ginásio Pernambucano.
Em 2010 o G.P se tornou Escola de Referência em Ensino Médio Ginásio Pernambucano.
No ano de 2012 o prédio do Ginásio Pernambucano passou da Rua do Hospício (Boa Vista) para a Av. Cruz Cabugá (Santo Amaro).