Dirigida por um(a) Diretor(a) nomeado pela Direção-Geral, compete a esta Diretoria promover ações de pesquisa, pós-graduação e inovação, visando a cooperação científica e tecnológica, estimular e apoiar a produção do conhecimento em todos os níveis de ensino e áreas do conhecimento, estimular a publicação dos resultados dos projetos e ações de pesquisa, manter um sistema de informações atualizados referente aos pesquisadores e projetos de pesquisa, divulgar e promover editiais de pesquisa e inovação em nível local, regional, nacional e internacional, desenvolver programas de pós-graduação em diferentes áreas do conhecimento, além de manter intercâmbio com as instituições responsáveis por políticas de fomento à pesquisa e inovação para captação de recursos e formação de recursos humanos do Campus.