O modelo educacional do Colégio Bertoni baseia-se nas seguintes premissas:
Responsabilidade. O Colégio Bertoni estimula o senso de responsabilidade em seus alunos tratando-os como adultos e preparando-os para enfrentar os desafios da vida profissional. O Colégio Bertoni não trabalha com aulas-show, mas com a conscientização do aluno sobre a necessidade de dedicar-se mais aos estudos.
Excelência. As atividades pedagógicas estão focadas em preparar, capacitar, motivar e incentivar os alunos a realizar o ensino superior em instituições de excelência do país como USP, ITA, IME, UFPR, UFSC e UFRJ.
Avaliação Contínua. O Colégio Bertoni realiza provas semanais com classificação aos moldes dos vestibulares. A avaliação contínua leva o aluno a verificar o real nível de seu conhecimento, identificando pontos a melhorar e buscando a autossuperação nos estudos rumo a uma universidade de ponta. Os alunos Bertoni são conscientes da concorrência acirrada dos principais vestibulares do país.
Nível. No Colégio Bertoni, o nível das aulas acompanha o ritmo dos melhores alunos. Tal postura estimula os demais alunos a buscar um aperfeiçoamento contínuo de suas habilidades. Aulas de reforço regulares ocorrem para dar suporte e viabilizar esta atitude.